在大航海时代4加强版中增加了不同主角在游戏中的差别，让我们来看一看有何差别吧。
拉斐尔：作为正统主角，除了开始游戏前可以选择3项得意的技能外，完成同行公会的委托时可以获得比其他主角更多的金钱，有时还可获得市场占有率。此外，军事投资所需的资金也比其他主角少2成。
丽路：丽路在从事贸易时卖出的交易品价格比其他主角高出5%，卖出流行商品时所获得的势力值也是其他主角的两倍！
赫特拉姆：赫特拉姆在海战胜利后可以将敌人剩余的舰只拖回据为己有。每场海战之后都可以获得瑞典王室付给的赔偿金。
华梅：交易时必须将一部分营业所得作为税金，因此卖出的交易品价格比其他主角低3%。
伍丁：伍丁时伊斯兰教徒，不能在旗舰上配置礼拜室，也不能在广场上分发交易品。但完成同行公会的委托时可以获得比其他主角更多的金钱，有时还可获得市场占有率。
佐伯：佐伯杏太郎在海战中获胜后可以将敌人剩余的舰只拖回据为己有。
蒂亚：蒂亚在游戏序盘阶段依附于艾斯康特军，每月要交纳全部资产的1%，而且不能向头领势力发送宣战布告。另外要注意的是在消灭玛尔德纳德军之前一定要在新大陆以外的地区存在势力，否则会因为全部势力被剥夺而导致GAME OVER。
PS:选用新主角和原始版本主角所获得的霸者之证也是不同的！
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